Cheltuielile efectuate în cadrul operaţiunilor finanţate prin programele operaţionale vor fi considerate eligibile dacă au fost efectuate între 1 ianuarie 2007 şi 31 decembrie 2015 şi sînt însoţite de facturi, iar alte cheltuieli, precum TVA şi comisioanele la credite, nu vor fi eligibile. Prin derogare, cheltuielile din cadrul schemelor de ajutor de stat sînt eligibile în conformitate cu prevederile UE. Contribuţia în natură poate fi considerată cheltuială eligibilă dacă este efectuată sub forma terenurilor, clădirilor, echipamentelor, materialelor. În acest caz, este considerată cheltuială proprie a beneficiarului şi nu trebuie să depăşească cumulativ 20% din totalul contribuţiei acestuia, stabilită prin contractul de finanţare. În cazul terenurilor, clădirilor şi echipamentelor, valoarea este certificată de un evaluator independent autorizat. În cazul clădirilor şi echipamentelor, acestea trebuie să facă parte integrantă şi inseparabilă din rezultatul operaţiunii. Terenurile şi clădirile trebuie să fie libere de sarcini şi să nu facă obiectul unor litigii aflate pe rol. Hotărîrea aprobată de Guvern stabileşte o serie de cheltuieli care nu sînt eligibile, printre care TVA-ul, dobînda şi alte comisioane aferente creditelor, cheltuielile colaterale care intervin într-un contract de leasing, achiziţia de echipamente second-hand, amenzile, penalităţile şi costurile de judecată. România va beneficia, în perioada 2007-2013, de asistenţă financiară nerambursabilă, sub forma instrumentelor structurale. Programarea acestora este realizată prin Cadrul Strategic Naţional de Referinţă, document strategic de planificare pe termen mediu al Fondurilor structurale şi de coeziune ce va fi implementat prin intermediul Programelor Operaţionale. În măsura în care o operaţiune este aprobată pentru finanţare de către Autoritatea de Management/Organismul Intermediar, cheltuielile efectuate de beneficiarul proiectului pentru pregătirea şi implementarea acesteia pot fi rambursate atît din instrumente structurale, cît şi din bugetul de stat. Pentru ca o anumită cheltuială să poată fi rambursată, trebuie să fie eligibilă.