Institutul de Ştiinţe ale Educaţiei, Agenţia Spaţială Română şi Institutul de Cercetări şi Amenajări Silvice sunt printre instituţiile de cercetare ştiinţifică care au trecut în subordonarea, coordonarea sau autoritatea Ministerului Educaţiei după intrarea în vigoare a HG privind organizarea MEN. Trecerea unor institute de cercetare în subordonarea, coordonarea sau autoritatea Ministerului Educaţiei Naţionale este prevăzută în Hotărârea Guvernului nr. 185/2013 privind organizarea şi funcţionarea MEN, înfiinţat prin reorganizarea Ministerului Educaţiei, Cercetării, Tineretului şi Sportului şi prin preluarea activităţii şi structurilor specializate de la Autoritatea Naţională pentru Cercetare Ştiinţifică, publicată în Monitorul Oficial. Actul normativ prezintă funcţiile şi atribuţiile Ministerului Educaţiei Naţionale în domeniul educaţiei şi învăţământului, precum şi în domeniul cercetării ştiinţifice, dezvoltării tehnologice şi inovării, stabilind că în structura organizatorică a acestei instituţii funcţionează direcţii generale, direcţii, servicii şi birouri, iar în fiecare judeţ şi în municipiul Bucureşti sunt organizate, ca servicii publice deconcentrate, inspectorate şcolare, cu structura aprobată prin ordin al ministrului Educaţiei. Documentul mai prevede că trec în subordonarea, coordonarea sau sub autoritatea Ministerului Educaţiei Naţionale, în calitate de autoritate de stat pentru cercetare ştiinţifică, dezvoltare tehnologică şi inovare, instituţiile şi unităţile de cercetare ştiinţifică, dezvoltare tehnologică şi inovare şi institutele naţionale de cercetare-dezvoltare. Lista completă a instituţiilor care au trecut în subordinea MEN este: Institutul de Ştiinţe ale Educaţiei, Centrul European UNESCO pentru Învăţământul Superior (CEPES), Institutul Limbii Române, Centrul de Cercetări Biologice din Jibou, Agenţia Spaţială Română şi Institutul de Fizică Atomică. În coordonarea ministerului se află Institutul de Cercetări şi Amenajări Silvice şi Institutul Naţional de Cercetare-Dezvoltare pentru Protecţia Plantelor Bucureşti, iar sub autoritatea MEN funcţionează Institutul de Cercetări în Transporturi SC INCERTRANS SA. Hotărârea de Guvern care a intrat în vigoare mai prevede că ministrul Educaţiei şi ministrul delegat, în domeniile în care a fost învestit, reprezintă MEN în raporturile cu celelalte autorităţi publice, cu persoanele juridice şi fizice din ţară şi din străinătate. Actul normativ prevede că ministrul Educaţiei poate delega calitatea de ordonator principal de credite, pentru domeniul pentru care a fost învestit, ministrului delegat pentru învăţământ superior, cercetare ştiinţifică şi dezvoltare tehnologică, secretarilor de stat, secretarului general, secretarilor generali adjuncţi sau altor persoane împuternicite în acest scop. Potrivit structurii organizatorice, în cadrul Ministerului Educaţiei Naţionale îşi desfăşoară activitatea cinci secretari de stat, numiţi prin decizie a premierului, precum şi doi secretari generali adjuncţi. Numărul maxim de posturi este de 598, exclusiv demnitarii şi posturile aferente cabinetelor ministrului şi ministrului delegat pentru învăţământ superior, cercetare ştiinţifică şi dezvoltare tehnologică.