Fondurile cheltuite de Pentagon pentru programe secrete au atins cel mai înalt nivel de la sfîrşitul Războiului Rece, arată un raport prezentat de un grup de cercetare de la Washington. Programele secrete costă 30,1 miliarde de dolari sau 19% din fondurile solicitate de Departamentul Apărării pentru anul fiscal 2007. În termeni reali, Departamentul Apărării a cerut mai multe fonduri pentru programe secrete pentru anul fiscal 2007 decît pentru orice alt an de la sfîrşitul Războiului Rece, cînd Pentagonul primea echivalentul de la acea dată a 29,4 miliarde de dolari pentru asemenea proiecte.

Un program secret al Pentagonului are avantajul că este supus într-o măsură mai mică controlului Congresului, presei sau organizaţiilor neguvernamentale. Printre programele secrete de succes se numără cele ce au dezvoltat avioanele de luptă F-117 Stealth şi bombardierele B-2, capabile să nu fie detectate de radar. Au existat însă şi eşecuri sau proiecte fanteziste, precum arme antimaterie, programe care foloseau abilităţile de medium sau telepatice împotriva inamicului, potrivit autoarei unei cărţi pe această temă, Sharon Weinberger. Aceasta susţine că sub acoperirea secretului, Departamentul de Stat protejează eşecuri ştiinţifice ce altfel ar atrage criticile contribuabililor. Programul de achiziţii secrete al Pentagonului reprezintă în anul fiscal 2007 aproape dublul celui din anul 1995.